Yasushi Akimoto đã được cho cơ hội để bắt đầu sản xuất ở Nagoya cùng với sự đổi mới của Sunshine Sakae 2F, khi ông đang nghĩ đến việc mở rộng "Dự án 48" trên toàn quốc. Ông ấy đã có những lời mời từ Nhật Bản, do đó ông ấy quyết định sử dụng Nagoya làm nơi tiếp tục dự án. Tên "SKE" đến từ "Sakae" ở quận Naka ở Nagoya. Akimoto đã nói rằng các thành viên được chọn từ cả AKB48 và SKE48 đều có thể phát hành một đĩa đơn, thay vì phát hành hai đĩa đơn khác nhau. [1] Nhưng họ đã phát hành đĩa đơn đầu tiên trong năm 2009.

Trong đĩa đơn "Ōgoe Diamond" của AKB48, Matsui Jurina trở thành Trung tâm và là thành viên đầu tiên, duy nhất của SKE48 được xuất hiện trên một bìa duy nhất và trong bài hát. [2] Bao gồm Matsui, một số thành viên của SKE48 đã xuất hiện trong PV đánh dấu sự hợp tác đầu tiên của hai nhóm, cho đến nay.

Vào ngày 28 tháng 5 năm 2011, Avex đã chọn SKE48 và sẽ phát hành đĩa đơn đầu tay của họ dưới hãng "Pareo wa Emerald" vào ngày 27 tháng 7 năm 2011. [3]

Vào ngày 25 tháng 8, đã có thông báo rằng thành viên SKE48 Matsushita Yui sẽ rời khỏi nhóm vào cuối tháng 9 năm 2011 do bị chấn thương mắt cá chân. [4]

Vào ngày 7 tháng 8 năm 2012, thành viên SKE48 và là Captaincura Team S, Hirata Rikako đã thông báo về việc tốt nghiệp của mình để theo đuổi sự nghiệp với vai trò phóng viên [5].

Vào ngày đầu tiên của Concert Dome Tokyo được tổ chức vào ngày 24 tháng 8 năm 2012, đã có thông báo rằng Kitahara Rie của AKB48, đội K sẽ kiêm nhiệm SKE48. Ngoài ra, Ishida Anna của Team KII sẽ kiêm nhiệm trong AKB48 Team B. [6]

Vào ngày 1 tháng 11, đã có thông báo rằng Kumi Yagami, một thành viên của thế hệ đầu tiên của nhóm, sẽ tốt nghiệp khỏi nhóm, nhưng ngày tốt nghiệp không được công bố. [7]

Vào ngày 9 tháng 12, "SKE48CAFE & SHOP với AKB48" đã được mở ra cho tòa nhà 5F với một nhà hát. Có một thực đơn nấu ăn mà thành viên của SKE48 đã nghĩ ra.

Vào ngày 15 tháng 1 năm 2013, đã có thông báo rằng 8 thành viên, 3 từ Team S, 2 người từ Team KII và E, và 1 kenkyusei, sẽ tốt nghiệp từ nhóm, cùng với Yagami, đã tốt nghiệp đã được thông báo vào tháng 11 năm 2012, có thể vào mùa xuân 2013. [8]

Vào ngày 13 tháng 4, đã có thông báo rằng các đội sẽ được tổ chức lại và chín thành viên kenkyusei sẽ được thăng cấp lên các thành viên chính thức. Nakanishi Yuka trở thành đội trưởng của SKE48 cũng như trưởng nhóm S, và Matsui Rena được thăng lên làm đội trưởng đội E. [9] Rie Kitahara, người đã ở trong cả SKE48 và AKB48, sẽ hủy bỏ vai trò kiêm nhiệm của SKE48 trong buổi hòa nhạc cuối cùng của chương trình hoà nhạc "AKB48 Group Rinji Soukai" tại Nippon Budokan vào ngày 28 tháng 4, với màn trình diễn cuối cùng của cô với tư cách là thành viên của SKE48 diễn ra vào ngày 9 tháng 5. [10]

Vào ngày 24 tháng 2 năm 2014, người ta đã tuyên bố rằng Matsui Rena sẽ kiêm nhiệm Nogizaka46 sau khi các đội được tổ chức lại và các thành viên kenkyusei được thăng cấp lên các thành viên chính thức. [11] Thành viên đồng thời với SKE48 và AKB48 Ōba Mina đã được chuyển sang SKE48 Team KII và các thành viên khác từ AKB48, NMB48 và HKT48 được chuyển giao vĩnh viễn hoặc kiêm nhiệm SKE48.

Vào ngày 15 tháng 3 năm 2015, các thành viên đã vượt qua cuộc thử giọng Thế hệ thứ 7 đã được tiết lộ. [13]

Vào ngày 6 tháng 6 năm 2015, SKE48 trở thành nhóm chị em đầu tiên có số lượng thành viên xếp hạng trong Tổng tuyển cử hàng năm nhiều hơn so với AKB48.

Vào ngày 12 tháng 8 năm 2015, đĩa đơn thứ 18 của nhóm ''Maenomeri'' được phát hành, vị trí trung tâm của đĩa đơn thứ 18 thuộc về Matsui Rena ( cô cùng với Matsui Jurina đã giữ vị trí Trung tâm của SKE48). Đây là đĩa đơn cuối cùng cô tham gia với tư cách là thành viên SKE48 và cô đã tốt nghiệp vào ngày 31 tháng 8 năm 2015.

Tháng 10 năm 2018, họ đã tổ chức kỉ niệm 10 năm thành lập tại nhà hát SKE48.